Il Museo degli Affreschi sorge sull’area di un complesso conventuale le cui origini risalgono al XIII secolo. La primitiva chiesa di San Francesco al Corso fu eretta infatti nel 1230, e insieme all’annesso convento ospitava una comunità di francescani conventuali.
Nel 1973, dopo il restauro della chiesa e del convento, vi venne inaugurato il museo intitolato a Giovanni Battista Cavalcaselle ove sono esposti cicli di affreschi provenienti da edifici veronesi dal Medioevo al Cinquecento e sculture dell’Ottocento, mentre la chiesa di S. Francesco ospita opere su tela di grandi dimensioni dal Cinquecento al Settecento.
Nella Sala delle Muse di Casa Guarienti (solo per cerimonie di 60 minuti) è stato ricostruito un ambiente di un palazzo veronese del Cinquecento, palazzo Guarienti ai Filippini, ricollocando gli affreschi che ne decoravano le pareti nella loro disposizione originaria. Il soggetto di questo ciclo pittorico non è stato ancora completamente chiarito, anche se vi si riconoscono alcune figure mitologiche o allegoriche: Mercurio con il caduceo, Venere con due eroti, Diana cacciatrice, l’allegoria della Fama con una tromba, raffigurazioni di divinità fluviali e di ninfe delle acque. La presenza, nelle sovraporte, di figure femminili con strumenti musicali ha fatto ipotizzare che questa fosse una sala di musica. Molto interessante è anche la partitura decorativa: colonne ioniche abbinate e viste in prospettiva delimitano un breve porticato, oltre il quale si aprono vasti paesaggi dai cieli luminosi. L’ambiente è concepito come una loggia aperta verso l’esterno, dove si alternano aperture reali – le porte, le finestre – ad aperture dipinte illusionisticamente, sul modello della Sala delle Prospettive di Baldassarre Peruzzi nel palazzo della Farnesina a Roma.
Gli affreschi, databili al 1560 circa, sono un’opera relativamente giovanile di Paolo Farinati, che fu uno dei protagonisti della pittura veronese del Cinquecento, apprezzato soprattutto nelle grandi decorazioni a fresco. Il camino invece è un manufatto più antico, eseguito probabilmente alla fine del secolo precedente, ed è stato qui inserito in sostituzione del camino originale che non si è conservato.

Al pianterreno si trova la Sala Giacomo Galtarossa – di ampia capienza (60 persone) disponibile anche per le cerimonie di 30 minuti il giovedì – intitolata al maggior mecenate dei musei veronesi del secondo Novecento e primo presidente degli Amici dei Musei di Verona. All’esterno della sala nel chiostro, ad accogliere il visitatore, sei statue, rappresentanti le Virtù e le città di Verona e Vicenza, provenienti dal recinto delle Arche Scaligere, inserite al fine di riunirle e di creare un ideale dialogo con i pezzi trecenteschi esposti nelle sale superiori del museo. Nella cripta del convento è collocato il sarcofago che secondo la tradizione custodì il corpo di Giulietta. Nel sotterraneo dell’ex chiesa di S. Francesco (XIII sec.) sono conservate molte anfore, appartenenti ad un deposito della prima età imperiale romana (I sec. d.C.).